一、硅膠基質(zhì)填料
1、正相色譜
正相色譜用的固定相通常為硅膠(silica)以及其它具有極性官能團，如胺基團(nh2，aps)和氰基團(cn，cps)的鍵合相填料。
由于硅膠表面的硅羥基(sioh)或其它極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據(jù)樣品中各組份的極性大小，即極性較弱的組份最先被沖洗出色譜柱。
正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如：正己烷(hexane)、氯仿(chloroform)、二氯甲烷(methylene chloride)等。
2、反相色譜
反相色譜用的填料常是以硅膠為基質(zhì)，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。
樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組份最先被沖洗出，而極性弱的組份會在色譜柱上有更強的保留。
常用的反相填料有：c18(ods)、c8(mos)、c4(butyl)、c6h5(phenyl)等。
二、聚合物填料
聚合物填料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸酯等，其主要優(yōu)點是在ph值為1～14均可使用。
相對于硅膠基質(zhì)的c18填料，這類填料具有更強的疏水性;大孔的聚合物填料對蛋白質(zhì)等樣品的分離非常有效。
現(xiàn)有的聚合物填料的缺點是相對硅膠基質(zhì)填料，色譜柱柱效較低。
三、其它無機填料
其它hplc的無機填料色譜柱也已經(jīng)商品化。由于其特殊的性質(zhì)，一般僅限于特殊的用途。如，石墨化碳正逐漸成為反相色譜柱填料。這種填料的分離不同于硅膠基質(zhì)烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎(chǔ)，不再需其它的表面改性。
該柱填料一般比烷基鍵合硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更強。石墨化碳可用于分離某些幾何異構(gòu)體，又由于在hplc流動相中不會被溶解，這類柱可在任何ph與溫度下使用。
氧化鋁也可用于hplc，氧化鋁微粒剛性強，可制成穩(wěn)定的色譜柱柱床，其優(yōu)點是可在ph高達12的流動相中使用。
但由于氧化鋁與堿性化合物作用也很強，應(yīng)用范圍受到一定的限制，所以未能廣泛應(yīng)用。新型氧化鋯基質(zhì)色譜填料也可用于hplc，商品化的僅有聚合物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應(yīng)用ph范圍1～14，溫度可達100℃。
由于氧化鋯填料是最近幾年才開始研究，加之面臨的實驗難度，其重要用途與優(yōu)勢尚在進行中。