水體中微生物檢測的目的是對各種不同水體中微生物的數(shù)量、種類或?qū)ζ渲械奈⑸镒兓?guī)律進(jìn)行研究，以及從中分離某種微生物。對這些內(nèi)容研究的結(jié)果與水樣采集的時(shí)間、地點(diǎn)及取樣方式有直接的關(guān)系。分析實(shí)驗(yàn)室從樣品的采集到報(bào)告的編發(fā)是一個(gè)系統(tǒng)的質(zhì)量控制過程。在這一過程中，除用準(zhǔn)確的分析技術(shù)和精密的儀器設(shè)備科學(xué)的采集樣品,正確的保存樣品,規(guī)范的流轉(zhuǎn)樣品也十分重要。采集的樣品要有代表性，易受環(huán)境變化而變化的分析項(xiàng)目要在現(xiàn)場測試,需在實(shí)驗(yàn)內(nèi)測試的樣品，在測試之前加以妥善保存、固定，確保樣品在分析前不會發(fā)生明顯的變化。規(guī)范的流轉(zhuǎn)程序保證樣品不發(fā)生混淆、錯(cuò)漏。
(1)采樣地點(diǎn)的選擇不同水體的物理學(xué)及生物學(xué)的環(huán)境條件顯著不同，其中生存的微生物種類、數(shù)量和活性等都有很大差異。因此，為了獲得有代表性的水樣，取樣地點(diǎn)的選擇非常重要。通常，流動的河道應(yīng)選擇水深20～30cm的水層取樣，若調(diào)查垂直分布，則應(yīng)選擇在河流深處為采集點(diǎn)；湖水采樣應(yīng)在湖泊中心與沿岸具有代表性的區(qū)域；在判斷污水對河流和湖泊的影響時(shí)，一般應(yīng)在污水口處按一定距離及有代表性的出口地點(diǎn)分別取樣，同時(shí)還應(yīng)在沒有污染的上游水域取樣作對照。海洋及港灣取樣地點(diǎn)的選擇也要根據(jù)具體環(huán)境設(shè)點(diǎn)，一般近岸較密，遠(yuǎn)岸較疏，同時(shí)還要考慮不同的調(diào)查目的，如基礎(chǔ)調(diào)查、檢測調(diào)查、專題調(diào)查和應(yīng)急調(diào)查等。
(2)水樣的采集采樣前，需根據(jù)調(diào)查計(jì)劃規(guī)定的調(diào)查站數(shù)及采樣數(shù)量做好采樣瓶、采水球、移液管、水樣引出管、水樣貯存瓶、過濾器、培養(yǎng)皿等器具的滅菌和消毒工作，并以所有的滅菌器具只能使用一一次為原則配齊所需的數(shù)量。
采集供微生物檢驗(yàn)的水樣必須按無菌操作技術(shù)進(jìn)行，并保證在送檢過程中不受外界污染，只有這樣才能反映當(dāng)?shù)禺?dāng)時(shí)水體微生物的真實(shí)情況