組織取材：
組織取材應(yīng)盡可能新鮮。由于組織rna降解較快，所以新鮮組織和培養(yǎng)細胞最好在30min內(nèi)固定。
固定目：
①保持細胞結(jié)構(gòu)；
②最大限度地保持細胞內(nèi)dna或rna的水平；
③使探針易于進入細胞或組織。
常用的固定劑是多聚甲醛，與其它醛類固定劑（如戊二醛）不同，多聚甲醛不會與蛋白質(zhì)產(chǎn)生廣泛的交叉連接，因而不會影響探針穿透入細胞或組織。
增強組織的通透性和核酸探針的穿透性：
稀酸處理和酸酐處理：為防止探針與組織中堿性蛋白之間的靜電結(jié)合，以降低背景，雜交前標本可用0.25%乙酸酐處理10 min，經(jīng)乙酸酐處理后，組織蛋白中的堿性基團通過乙?；蛔钄唷＝M織和細胞標本亦可用0.2 m hcl處理10 min，稀酸能使堿性蛋白變性，結(jié)合蛋白酶消化，容易將堿性蛋白移除。
去污劑處理：去污劑處理的目的是增加組織的通透性，利于雜交探針進入組織細胞，最常應(yīng)用的去污劑是triton x-100。注意：過度的去污劑處理不僅影響組織的形態(tài)結(jié)構(gòu)，而且還會引起靶核酸的丟失。
蛋白酶處理：蛋白酶消化能使經(jīng)固定后被遮蔽的靶核酸暴露，以增加探針對靶核酸的可及性。
雜交緩沖液孵育：
雜交前用不含探針的雜交緩沖液在雜交溫度下孵育2hr，以阻斷玻片和標本中可能與探針產(chǎn)生非特異性結(jié)合的位點，達到減低背景的目的。
防止污染：
由于在手指皮膚及實驗室用玻璃器皿上均可能含有rna酶，為防止其污染影響實驗結(jié)果，在整個雜交前處理過程中都需要戴消毒手套，實驗所用玻璃器皿及鑷子都應(yīng)于實驗前一日置高溫烘烤（180℃）以達到消除rna酶的目的。雜交前及雜交時所用的溶液均需經(jīng)高壓消毒處理。
雙鏈dna探針和靶dna的變性：
雜交反應(yīng)進行時，探針和靶核酸都必須是單鏈的。如果用雙鏈dna探針進行雜交（包括檢測rna時），雙鏈dna探針在雜交前必須進行變性。探針變性后要立即進行雜交反應(yīng)，不然解鏈的探針又會重新復(fù)性。