酶切是分子生物學(xué)中常用的,如何選擇酶切緩沖液,提高酶切效率,是一個十分關(guān)鍵的問題,本人摘用了其它論壇的內(nèi)容,另外將逐步整理,使酶切問題能夠比較容易解決,希望大家補充:
pcr產(chǎn)物的酶切。
pcr產(chǎn)物的酶切與引物上引入的保護堿基有很大的關(guān)系,所以設(shè)計引物的時候就應(yīng)該注意到這一點,如何選擇保護堿基,具體參見neb上關(guān)于保護堿基的資料:
加了保護堿基可能也會遇到切不動的問題,切不動可以從以下方面考慮:(1)酶切緩沖液、每種酶都有公司提供的*緩沖液,它們的差別只是離子濃度與體系的不同,如na、k、mg等,還有ph值及緩沖體系(一般tris-hcl),另外酶加甘油和dtt作為保護劑。在雙酶切的時候常會遇到兩種酶有各自的緩沖液,要達到高酶切效率,選擇是個問題,如果酶切時間和量足夠,解決的方法:
(a)使用其中一個酶的緩沖液,但要考慮到另一酶的反應(yīng)效率,反應(yīng)效率如何,可以查查酶在不同buffer里的效率參數(shù),具體見公司,如neb提供了很好的buffer參數(shù):
(b)使用它們的通用的緩沖液,使兩種酶在同一緩沖液里達到也足夠的酶切效率;沒有通用的buffer怎么辦呢?
分兩次酶切。即先用一種酶切,膠回收后再用另一種酶切。一般先低鹽后高鹽,這種方法保證了在各自的酶切緩沖液中都得到zui大的酶切效率,但缺點是要回收,損失大 ;
(c)克隆到t載體中,值得推薦的方法,克隆到t載體中,不須要考慮受這個條件的限制,酶切位點也可以用t載體上自帶的。
(2)酶切溫度。酶切溫度也很重要,一般的酶切zui適溫度為37度,有些特殊的酶的反應(yīng)溫度不同,如sma ⅰ為30度。雙酶切時這種情況下分開切,先低溫后高溫。
(3)酶切時間。酶切時間直接影響到酶切是否,一般為1-3h,這個時間已經(jīng)足夠,對于一些活性較好的酶,30min就可以酶切,建議在酶切1h后取5ul跑電泳以鑒定酶切效率;pcr產(chǎn)物的酶切時間較長,一般24小時。
(4)酶失活。如果使用酶解凍后放置太久,可能導(dǎo)致酶失活。這種情況較少見,只能換新酶。如果拿了不同公司的酶,buffer也不一樣,怎么辦?放心,可以用不同公司的酶進行雙酶切,一般不會有問題的??梢韵炔椴閚eb的酶在不同緩沖液中的活性百分比,選擇它們都有適中活性的buffer,每個公司生產(chǎn)的酶反應(yīng)緩沖液針對特定內(nèi)切酶是zui合適的!
(5)酶切體系。選用多大的酶切體系取決于你的樣品濃度,在雙酶切的時候為了得到質(zhì)量高的電泳圖,尤其插入的是小片段dna,酶切后產(chǎn)物量較少,可以增加酶切重組dna的量和增加上樣量,建議酶切前測定一下dna濃度或跑電泳看看dna有多濃,做到心中有數(shù)。
關(guān)鍵詞:紅外線滅菌器