破碎原代細胞是獲得細胞各個組分的*步，也是很關鍵步驟：破碎不充分，會影響細胞器產量；破碎過度，有時會破壞細胞器。破碎細胞一般是在低溫條件下，將細胞在等滲液中制備成細胞懸液，進行破碎細胞使之成為各種細胞器及其包含物的勻漿。
(一)勻漿法
勻漿(homogenization)是z常用的破碎細胞的方法，一般都要在冰上操作。較為經濟的方法是使用玻璃勻漿器。手動玻璃勻漿器由一根端部表面磨砂的玻璃桿和一個內壁磨砂的玻璃套管組成。使用時，先用鋒利的刀片把組織塊切碎，然后把碎塊加入套管中，用力移動玻璃桿使組織細胞破碎。因為在研磨的過程中會摩擦產熱，引起蛋白變性，所以一般都在冰上操作，冰上操作還可以抑制細胞酶活性，防止降解。電動玻璃勻漿器和手動玻璃勻漿器原理和使用方法相似。
(二)高速組織搗碎機法
高速組織勻漿機有高速轉動的電機，可以帶動鋼制轉頭高速旋轉，從而剪切樣品、達到破碎細胞的目的，可以用于微量樣品的制備。使用時將待處理細胞懸于細胞裂解液中．加入到塑料離心管(因為刀頭速度過快，為防止碎裂，盡量避免使用玻璃試管)中，并放置于冰上，將組織勻漿機的探頭浸入離心管中，然后打開電源，緩慢調整旋轉速度，一般開機數(shù)十秒后．組織細胞即可被高速旋轉的探頭破碎。但不宜時間過長，以防高速旋轉產生熱而導致分離物中的活性物降解。
(三)超聲波處理法
超聲波發(fā)生器能產生高強度的超聲信號，經換能器傳送至與之接觸的溶液中，由聲波形成沖擊和振動而產生剪力，致使原代細胞破碎，一般體外培養(yǎng)的動物細胞均可在短時間內破碎，因超聲時可產熱，應注意冰浴冷卻，生物大分子如核酸和酶對超聲敏感，一般不宜采用。如果提取蛋白、多糖等，可采用超聲法降解核酸。超聲法可以和勻漿法相結合，即先通過勻漿的方法破碎細胞，再通過適當?shù)某曔M一步裂解。
(四)化學裂解法
在細胞懸液中加入titon x-100、np-40、sds、去氧膽酸鈉均可使細胞裂解，往往仍需機械法進行輔助，方可在短時間內使細胞*裂解，裂解后應清除化學裂解劑，以防止干擾分析。這些化學物質往往配制成細胞裂解液。
(五)反復凍融法
可將細胞懸浮于細胞裂解液在一70℃或液氮中冷凍后，迅速于37℃融化，經3—4個凍融周期．可使原代細胞破碎。如果結合超聲法，一般來說效果會更好。