海關(guān)的基本職能包括稅收征管、出入境監(jiān)管、保稅監(jiān)管、進(jìn)出口統(tǒng)計(jì)、海關(guān)稽查、知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)、打擊走私、口岸管理等，跨境電商涉及的就是進(jìn)出境貨物的監(jiān)督管理。與海關(guān)一起工作的檢驗(yàn)檢疫獨(dú)立于海關(guān)的部門，由商品檢驗(yàn)、衛(wèi)生檢疫、動(dòng)植物檢疫等三個(gè)部分組成，檢查人員和貨物是否符合衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)，與跨境電商有關(guān)的是商檢。
邊檢即邊防檢查，主要是對(duì)出入境人員及攜帶物品的檢查;而安檢主要是查違法物品，保障交通安全。既然是監(jiān)督管理，那么就要查驗(yàn)貨物，商檢是查質(zhì)量衛(wèi)生，具有一票否決性，不合格即無(wú)法入境。而海關(guān)查驗(yàn)是要確定申報(bào)的真實(shí)性，商品的歸類、價(jià)格及產(chǎn)地等信息，落實(shí)國(guó)家的稅收和貿(mào)易管制措施等情況。
因此海關(guān)查驗(yàn)相對(duì)復(fù)雜，在申報(bào)環(huán)節(jié)和查驗(yàn)放行環(huán)節(jié)，只要海關(guān)關(guān)員在進(jìn)行人工審單時(shí)認(rèn)為報(bào)關(guān)單申報(bào)內(nèi)容不清楚，或有任何疑問(wèn)，便可以人工操作下達(dá)布控指令，查驗(yàn)貨物是否單貨相符，貿(mào)易類會(huì)出具《海關(guān)查驗(yàn)通知單》而郵件、快件以及跨境電商等小件，流水線直接操作。
查驗(yàn)可以分為人工查驗(yàn)和機(jī)檢查驗(yàn)，可以抽查或徹底查驗(yàn)。查驗(yàn)比例及布控的策略，海關(guān)會(huì)根據(jù)企業(yè)的通關(guān)歷史記錄、信用等級(jí)、商品的風(fēng)險(xiǎn)水平等因素調(diào)整。如今，報(bào)關(guān)有點(diǎn)像公司的會(huì)計(jì)管理，可以自己操作也可委托報(bào)關(guān)行代理，2014年“簡(jiǎn)政放權(quán)”海關(guān)總署廢止“報(bào)關(guān)員”資格核準(zhǔn)，只要備案即可?？傊M(jìn)口申報(bào)環(huán)節(jié)很重要，無(wú)論是哪種通道都務(wù)必“按期、如實(shí)、規(guī)范”。