生物化學治理方法主要是借助于微生物的新陳代謝作用，分解向酒廢水中的有機物質(zhì)或其他雜質(zhì)，白酒廢水中通常含有較高濃度的有機物質(zhì)，微生物的生物化學作用具備很好的可再生性，不僅不會對白酒廢水造成二次污染，同時還可以增強廢水的可生化性，生物化學方法已經(jīng)成為我國酒業(yè)生產(chǎn)中應用較廣泛的廢水處理技術，一般可以根據(jù)微生物的好氧性和厭氧性對具體措施進行分類。
1厭氧法：有些白酒釀造流程會產(chǎn)生大量的高濃度有機廢水，例如：白酒發(fā)酵和蒸餾工藝中產(chǎn)生的鍋底水或發(fā)酵池水中有機廢物含量較高，如果采用物理處理法僅能除去體積較大的渣滓，凈化后水的純度和生化性都無法滿足循環(huán)利用的標準，利用微生物的厭氧性可以有效改善凈化工藝效果，同時能夠回收能源。
2好氧法：好氧法處理技術是利用好氧微生物與廢水接觸過程中，通過微生物的生化作用對有禮物進行降解或吸收，從而有效降低白酒廢水中的有機雜質(zhì)。這種方法相對于厭氧法的好處在于微生物的生化過程并不產(chǎn)生臭味氣體，同時作用時間較短，廢水處理效率較高。目前應用較廣的兩種技術是生物膜廢水處理法與活性泥廢水處理法。
3好氧法與厭氧法協(xié)同作用：研究表明，如果在白酒廢水治理中單獨采用厭氧法，凈化后的水質(zhì)仍然無法滿足循環(huán)利用的標準，而單獨采用好氧法，又需要建設大規(guī)模的處理流程，經(jīng)濟性下降。在實際白酒廢水處理中一般是先采取厭氧法進行廢水凈化，然后再運用好氧處理，綜合利用好養(yǎng)細菌與厭氧細菌的生化作用降解有機雜質(zhì)。在厭氧處理階段針對白酒廢水中的有機物和絮狀物進行去除，好氧處理階段對廢水巾的污泥進行有效去除，不僅設備規(guī)?？梢缘玫浇档?，同時可以提升廢水處理后的生化性能，獲得更好的循環(huán)利用效果。研究表明，如果在厭氧階段同時采用水解酸化處理技術，不僅可以提升好氧細菌的生化作用，提升凈化能力，同時還可以采用更多種類的降解細菌，充分發(fā)揮微生物的凈化作用。