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        茶樹(shù)幼根cdna文庫(kù)構(gòu)建及其表達(dá)序列標(biāo)簽特性分析

        發(fā)布時(shí)間:2024-08-12
        以茶樹(shù)龍井43實(shí)生苗新生幼根為材料,應(yīng)用pbluescript ii xr cdna library construction kit,構(gòu)建了我國(guó)第一個(gè)茶樹(shù)幼根cdna文庫(kù)。測(cè)試結(jié)果表明原始文庫(kù)的滴度為1.85×10^7pft/ml,重組率為85.7%,插入片段絕大多數(shù)分布在1.0-1.5kb左右。隨機(jī)挑選5115個(gè)克隆進(jìn)行序列測(cè)定,去除空載體和插入片段短于150bp的序列后,獲得有效序列4833個(gè),經(jīng)過(guò)序列拼接后共獲得3482條表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequencetags,est),包括901個(gè)contigs和2581個(gè)singletons。通過(guò)與ncbi等非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)、查詢(xún)和注釋?zhuān)@得已知功能基因或具推測(cè)功能的est共1376個(gè),代表943個(gè)茶樹(shù)功能基因,421個(gè)est為未知功能基因,1685個(gè)est為新的表達(dá)基因。這些數(shù)據(jù)將為將為我們從分子水平上更好地了解、研究、調(diào)控茶樹(shù)的生理代謝、生長(zhǎng)發(fā)育和品質(zhì)等提供極有價(jià)值的資源。完成機(jī)構(gòu):中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所茶樹(shù)資源與改良研究中心、國(guó)家茶樹(shù)改良中心,杭州310008
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